Entre 1997 y 2024, cinco personas han ejercido la autoridad máxima. Hoy la rectoría está a cargo del Rev. P. Marco Antonio Pérez Pérez.
Rectoría
Rector
Rev. P. Marco Antonio Pérez Pérez
Designado el 18 de octubre de 2021, en sustitución del Rev. P. Dr. Secilio Espinal Espinal.
Vicerrectores
Vicerrector académico
Ing. Benjamín Toral Fenández
Designado el 8 de enero de 2024, en sustitución del Dr. Juan Homaldo Veras Díaz.
Vicerrectora administrativa
Mtra. Yohanna A. Urbáez Castro
Designada el 20 de diciembre de 2024, en sustitución de la Mtra. Milagros Pérez Mendieta.
Vicerrectora de Desarrollo y Relaciones Internacionales
Mtra. Ruddy Medina Calderón
Designada el 20 de diciembre de 2024, en sustitución de la Mtra. Yris Ysabel San Gilbert Ramos.
Los directores de cada escuela están en la página de Escuelas.